تخضع جامعة قبرص الدولية لإدارة الجامعة. لا تقوم إدارة الجامعة بالقيادة فحسب،
بل تقوم أيضًا بتمثيل الجامعة خارجيًا وتنسق تعاون أعضاء الجامعة داخليًا.
تتكون إدارة الجامعة من رئيس الجامعة ونواب العميد والأمين العام.
رئيس الجامعة هو رئيس إدارة الجامعة والمتحدث الرسمي باسم إدارة الجامعة والجامعة.